Trứng sau khi bóc bỏ lớp trấu và các nguyên liệu đắp ở ngoài vỏ thì vỏ trứng có màu đen trắng lẫn lộn như muối, đôi khi tạo những lớp hoa văn trên bề mặt trông rất đặc biệt. Lòng đỏ của trứng thường có màu xanh xám, xanh đen hoặc màu kem với mùi thơm mạnh đặc trưng, lòng trắng có màu nâu đen và trong suốt như thạch.

Trứng Bắc Thảo có lòng đỏ có mùi hăng, sốc, vị the và béo, lòng trắng ít mùi vị. Món này tương đối khó ăn, nếu ăn không quen.

Người ta làm món trứng Bách Thảo bằng cách ngâm trứng trong hỗn hợp bùn nhão được làm từ đất sét pha kiềm và nước, hoặc có thể dùng tro gỗ, vôi tôi, muối, nhằm duy trì thời gian ủ trứng lâu nhất. Lớp vỏ này có tác dụng ngăn ngừa vi khuẩn xâm nhập.

Một cách khác là dùng hỗn hợp gồm 300gr bột trà xanh, 300gr bột vôi tôi, 900gr bột muối biển, 700gr bột tro gỗ (than gỗ sồi) pha với nước đun sôi tạo thành một dạng bùn nhão, phết lên bề mặt của trứng Bách Thảo. Sau đó lăn trứng qua một lớp mỏng bột vỏ trấu để hỗn hợp bện chặt vào nhau rồi cho trứng vào vại hoặc sọt bằng lụa để bảo quản. Trong khoảng 3 tháng, hỗn hợp bùn nhão sẽ tự động khô lại, lúc này trứng đã có thể dùng được.